En 1933 es nombrado rector de la Universidad de Friburgo, aun cuando su actitud frente al nazismo, era un tanto equivoca. En 1944 es destituido de su cátedra por las autoridades francesas de ocupación, y se retira a la soledad de su casa en la Selva Negra.

Su obra fundamental es Ser y tiempo (1927, primera parte) que quedó inconclusa. esta obra y Kant y el problema metafísica (1929) y ¿ Qué es metafísica?, constituyen el primer período de su pensamiento. El segundo, comienza a partir de 1936, y en él escribe numerosas obras menores, como cartas sobre el humanismo (1947), Interpretaciones sobre la poesía de Hóderlin (1951), El principio del fundamento (1957), y un amplio estudio sobre Nietzsche(1961).